肝癌存在一定的误诊的几率，包括将良性肝脏疾病，误诊成为肝癌，或是将肝癌，误诊成为良性肝脏疾病。对于肝癌的诊断，主要结合患者既往的临床病史、影像学检查、肿瘤标志物，必要时，要通过病理穿刺来进行确诊。
肝癌通常是指原发性肝癌，常见于既往有肝炎病毒感染、长期饮酒、严重的脂肪肝、肝硬化或有肝癌家族史的患者，一般影像学检查，提示典型的肝脏占位，以及特异性的血液供应特点，增强CT和增强核磁，可以确诊80%-90%的肝癌，同时2/3的原发性肝癌，可以出现甲胎蛋白异常升高，以及其他肿瘤标志物异常。若患者出现以上表现，通常 临床上不会误诊肝癌。而比较小的病灶，影像学特点不典型，或肝癌合并有坏死，干扰了影像学的检查，另外肿瘤标志物正常的情况，亦不能排除肝癌。此时应采取密切观察，必要时可通过穿刺活检来确诊。