药流之后感觉到腰部疼痛是由于子宫收缩引起。药流的药通常是米非司酮和米索前列醇，服药后，首先会使胚胎死亡，另外会使孕妇产生宫缩，在子宫收缩作用之下，胚胎则会跟子宫壁脱离，逐渐排出体外。米索前列醇这种药物的作用机制是会引起子宫规律收缩，可能会使孕妇发生腹痛，同时有部分孕妇会觉得腰疼，也是子宫收缩的一种表现。
药流时引起腰部疼痛，实际上是药物使孕妇产生子宫收缩造成，所以不用太担心。随着子宫收缩和阴道出血，胚胎则有可能排出体外。当胚胎排出体外之后，子宫还会逐渐收缩，使子宫逐渐恢复到怀孕前的大小，腹痛和腰痛会完全消失、缓解。