巧克力卵巢囊肿治疗的最好方法，有手术治疗和保守治疗，具体内容如下：
1、手术治疗：第一如果囊肿的直径＞4公分，最好做手术治疗。否则由于囊肿继续增大，有可能会导致囊内压力增高、囊壁破裂，大量囊内容物流到盆腹腔当中，会造成严重的后果；
2、保守治疗：如果是囊肿没有＞4公分，建议可以考虑保守治疗，比如可以上曼月乐环治疗。曼月乐环当中含有高效孕激素，上到宫腔内之后可以对抗雌性激素，这样使子宫内膜逐渐变薄、萎缩，然后会出现闭经。闭经以后，位于卵巢局部的子宫内膜异位症病灶就不会再出现周期性出血，所以这是比较好的治疗方法，建议可以采纳。如果上环不适应的情况下，也可以考虑口服唯散宁(地诺孕素片)进行治疗，也会达到比较好的治疗效果，这就是卵巢巧克力囊肿治疗上相对比较好的方法。