自体造血干细胞移植的优点显而易见，最大的优点是干细胞的来源自己掌控，而且花费较少、成功率较高等。自体造血干细胞移植的缺点也显而易见，即容易复发。
一、优点：
1、干细胞的来源自己掌控：自体造血干细胞移植最大的优点是干细胞的来源自己掌控，不受别人的限制；
2、花费较少：自体造血干细胞移植的花费比异基因干细胞移植少；
3、成功率较高：自体造血干细胞移植的成功率比异基因干细胞移植高。
二、缺点：
干细胞尽管在体外提出后进行净化和纯化，但难免还带有自身的肿瘤细胞的污染，带有污染的肿瘤细胞回输后容易复发。即 使干细胞里没有肿瘤细胞的污染，自体造血干细胞移植后，大多数情况下的复发率比异基因干细胞移植高。
肿瘤首先是自身有问题，其次受外来环境因素的影响，自身的问题最主要的是免疫监督功能缺失，不能识别哪个是肿瘤细胞并将其清除。