病毒性扁桃体炎和细菌性扁桃体炎在早期时症状相似，以咽痛为主，伴随全身症状。随病程进展，二者会有所区别，具体如下：
1、细菌性扁桃体炎：在病程逐步加重时会形成脓性分泌物，附着于扁桃体表面，即急性化脓性扁桃体炎。血常规检查时，细菌性扁桃体炎表现为白细胞、中性粒细胞增多；
2、病毒性扁桃体炎：少见分泌物附着，以黏膜充血为主，部分单纯疱疹病毒感染的患者咽后壁、软腭、硬腭的黏膜会出现水疱样新生物，多发、点状，破溃以后可能形成溃疡，而且病毒性扁桃体炎伴有 高烧。血常规检查时，病毒性扁桃体炎表现是淋巴细胞增高。特殊的病毒性扁桃体炎，如EB病毒感染或疱疹病毒等，会出现单核细胞增多、分类的变化。
因此在病毒性扁桃体炎和细菌性扁桃体炎临床上早期症状不好鉴别时，可以做其他辅助检查，如血常规等进行明确。