服用氯氮平片，通常不会引起黑便。黑便是指粪便颜色纯黑，如果进食黑色食物，或为补血服用铁剂，此时粪便可呈现纯黑色，但不需要特殊处理，只需等待粪便颜色逐渐正常即可。上消化道出血时也会出现黑便，粪便除发黑外，还会呈现较亮的状态，像柏油状，此时需尽快就医处理，可能会是出现较危险的消化道出血。
在服用氯氮平片期间，也可能会出现粪便颜色发深的情况，是由于氯氮平片胆碱能作用于肠道后，会减慢肠道蠕动，使粪便在体内停留时间过长，导致其氧化而颜色加深。如果在服用氯氮平片期间出现便秘、粪便颜色加深的现象，担心是消化道出血时，建议做粪检看是否有粪便潜血现 象。
如果有潜血，说明可能出现肠道问题，如果没有潜血，可能是单纯便秘引起粪便颜色加深。对于氯氮平片引起的粪便颜色加深，可以服用具有通便效果的中成药，还应多食用富含纤维的蔬菜，以及多运动以加快肠道蠕动，促进排便。