子宫内膜异位症患者自然受孕概率大约在50%-60%，子宫内膜异位症患者多半存在卵巢囊肿。因为卵巢囊肿破裂以后一般流出的液体呈黏稠、褐色，类似融化的巧克力酱，因此称为卵巢巧克力囊肿。卵巢内异囊肿会对正常卵巢组织产生一定破坏，影响正常排卵。巧克力囊肿在囊液破裂以后流出的液体会引起周围组织及器官粘连，影响输卵管功能造成不孕。
盆腔内膜异位结节分泌前列腺素等因子，干扰输卵管拾卵和子宫内膜容受性导致不孕。根据子宫内膜异位症的病灶位置以及病变程度不同，怀孕几率存在差异。如果子宫内膜腺体和间质侵入到整个肌层合并内异，怀孕几率可以达到50%-60%。如果内异病灶只是影响到单侧输卵管，另外一侧输卵管无任何异常，自然怀孕几率大概在60%-80%。如果子宫内膜是异位到腹壁切口，每次月经时切口处硬结都会出现疼痛，随月经频次增加，硬块越来越大，称为腹壁切口异位肿块，此类情况不影响怀孕。因此建议广大患者确诊后尽早治疗、尽早试孕。