扁桃体化脓主要选用合适抗菌素，口服即可。至于抗菌素使用，如无特殊感染，通常首选青霉素或头孢类，有特殊过敏史，则建议换为阿奇霉素或氧氟沙星此类抗菌素。
若症状较严重，如引起高热、扁桃体周围炎，甚至扁桃体周围脓肿，建议肌肉注射或静脉输液抗菌素。因扁桃体化脓常见原因为细菌感染，因此抗菌素治疗为首选，
其次可对症治疗，如发热采用解热镇痛药物，睡眠不佳可采用镇静等帮助睡眠药物。以及绝对禁烟酒，少食辛辣刺激食物，适当休息，多饮水，亦为较重要措施。
倘若频繁发炎、化脓，成年人扁桃体化脓＞2次/年，建议具备条件可行手术切除扁桃体，可将扁桃体作为病灶要去除，于身体存在好处。