氟哌酸和黄连素从代谢角度看，可以一起吃，无代谢方面的相互作用，但是否有必要同时服用，以及在使用的过程中需要注意哪些情况，应遵照医嘱的建议。
氟哌酸，即诺氟沙星，属于喹诺酮类的广谱抗菌药物，对于革兰氏阳性菌、革兰氏阴性菌均有抗菌作用，但相对而言，对革兰氏阴性菌的抗菌活性更强，较适合用于胃肠道感染，以及泌尿系统的感染。黄连素的主要有效成分为小檗碱，是一种生物碱，对于病原菌只起到微弱作用，但它对于肠道的病原菌，如痢疾杆菌等具有明显的抗菌活性。因此，氟哌酸和黄连素均可用于治疗胃肠道感染，部分患者同时使用这两种药物时，可能会有协同治疗作用，但两种药物一起服用，亦可能导致相关副作用的风险增加，特别是胃肠道刺激性。