前列腺增生手术的弊端与所有手术弊端类似，都存在着一定的风险。任何手术患者需经历麻醉过程，麻醉过程中患者需承受麻醉药过敏风险，这也是相对于患者来讲的弊端。若患者在麻醉过程中发生过敏，极容易造成患者出现生命危险。
术后若出现处理较难的严重并发症时，手术弊端较为明显，并发症对患者的损伤有可能是终身的。前列腺手术后的患者易发生尿失禁，若尿失禁症状较轻，通过相关治疗措施及患者功能体位训练，前列腺术后并发症所造成的损伤会较小。若术后造成的并发症较为严重，有可能会对患者造成终身影响，易对患者的精神及身体上造成极大痛苦。