口腔溃疡好发部位，理论上好发于非角化黏膜，即舌部、双颊、口角联合区、口底等部位，而牙龈、硬腭等部位不易长溃疡。但实际临床上并不固定，复发性口腔溃疡可以长在任何部位，特别是容易创伤的部位，例如牙龈，虽为复发性口腔溃疡不太好发的部位，但如果刷牙时牙刷经常碰蹭牙龈，导致外伤，则牙龈也容易长溃疡。
口腔溃疡好发的部位虽然理论上是非角化黏膜，但其实在有创伤的情况下，任何部位都有可能出现口腔溃疡。口腔溃疡还有创伤性溃疡，特点就是与创伤因素相关，即存在创伤因素的部位就容易生长口腔溃疡，例如右下第7颗牙是残冠，则这 颗牙相对的颊黏膜就会出现溃疡。如果下前牙是残冠，舌尖就容易出现溃疡，所以创伤性溃疡是紧邻创伤因素的部位容易生长溃疡。