子宫内膜异位症是一大类疾病，指的是子宫内膜转移到其他部位，在不同部位有不同的名称，如转移到卵巢上，就可以形成巧克力囊肿。
由于子宫内膜有生长功能，每个月随着月经周期增厚、剥脱出血，每个月周而复始。转移到卵巢上的内膜也会随着月经增长、出血，这种血不像月经血，不能从阴道流出，这类子宫内膜就在卵巢上反复出血，破坏卵巢并形成囊肿。由于囊肿里面包裹的是血液，血液因为时间较长形成暗褐色，类似于巧克力的颜色，所以叫做巧克力囊肿。
巧克力囊肿对卵巢的功能破坏比较重，一个是由于反复出血造成的囊肿，对卵巢产生压迫性破坏。另外因为反复出血可以造成卵巢与周围组织粘连，造成卵巢周围的炎症，这些炎症对卵巢的破坏也比较重。
对于比较年轻的患者，发现囊肿后能够尽快地处理，对卵巢功能是一种保护，巧克力囊肿的手术一定要慎重评估，如果需要二次手术的患者，尤其需要认真评估，特别是没有完成生育功能的年轻患者。