实际上捐献骨髓的过程并不痛苦，一般在捐献前的半个月到1个月的时间，会提前为捐献者留取自体血。就像平常的无偿献血一样，先留取自己的血液大约400ml，大约经过半个月的时间体内的各种血液成分会基本恢复正常，就可以准备捐献骨髓。
捐献骨髓的时候一般会采用腰硬联合麻醉，在做骨髓穿刺和抽骨髓的时候，捐献者感受不到疼痛，所以也就没有很大的痛苦。另外会在捐献骨髓的时候将预先留取的自体血400ml给捐献者回输进去，这样就防止因为捐献骨髓大量失血而导致的贫血症状。
另外回收自己的自体血，也就不会出现感染乙肝、丙肝、艾滋病、梅毒等病毒的可能。所以整个过程相对来说比较安全 ，然后也没有痛苦。目前随着采集技术的发展，真正需要捐献骨髓的情况越来越少，大多数的情况下是采用外周干细胞的采集。
就是在捐献之前给捐献者提前打动员针，促使骨髓中的造血干细胞进入外周血。然后用血细胞单采机将造血干细胞采集出来，通过外周的血管将其采集出来，这个过程叫外周血造血干细胞采集术，这种采集技术捐献者的痛苦会更小。