部分乙肝相关性肾炎患者可以得到很好的治治愈，主要根据乙肝病毒感染，到底是直接浸润，还是免疫反应引起的的肾小球肾炎进行判断。治疗主要是为了减少蛋白尿，因为大量蛋白尿会引起肾小球硬化，最终进行为终末期肾病，所以这部分病人不容易治愈。乙肝相关性肾炎多以膜性肾病为主，主要表现是E抗原，而宿主的T细胞和B细胞，淋巴细胞缺陷是辅因，所以对这部分病人使用干扰素能带来很大的帮助，因为干扰素能让E抗原转阴，对于这部分的病人能够得到很好的治愈。
然而对于某些系膜增生性肾小球肾炎患者，因为乙肝表面抗原为主要的发病原因，宿主的单核吞噬细胞清除缺陷是辅因，所以应该运用核酸抑制剂，甚至用核酸抑制剂和干扰素联合治疗，让表面抗原转阴后对蛋白尿进行控制。