卵巢囊肿长在卵巢上，子宫在正中间下腹，下面连宫颈、阴道，位于下腹正中，前面是膀胱，后面是直肠，两侧是盆壁。子宫两侧宫角连接输卵管和韧带，称为卵巢固有韧带，韧带连接卵巢。通常卵巢的悬韧带，即两侧韧带连接盆壁，悬吊卵巢，位于后面。卵巢通常在子宫后面，发生的卵巢囊肿常位于子宫后方。
卵巢肿物可以长大，可能变换位置，如卵巢中等大小的肿物，有时转移到子宫前方。某些患者为后位子宫，卵巢偏于前方，这时卵巢囊肿可以长在子宫前。如果卵巢肿物过大，甚至20-30cm，可能充满腹腔。卵巢肿物基本在盆腔真骨盆中，也有可能因盆壁粘连、巧克力囊肿等，粘连到盆壁一侧。