肺动脉血栓栓塞，90%多都是由血栓引起。一般的处理项目包括维持心肺功能，如果低氧要采用氧疗。因为栓塞时还有部分患者伴有明显的胸痛，可以对症处理，应用镇痛的药物，如果咳嗽比较剧烈的情况，可以用止咳药物。还有患者恐惧、焦虑，可以适当的用部分镇静的药物。抗凝治疗是治疗肺栓塞的基本方法，抗凝治疗主要是为了防止血栓的再形成和复发。
除了抗凝治以外，如果大面积栓塞，可以采用溶栓治疗。还有少见的部分治疗手段，比方肺动脉血栓摘除，导管的碎栓和抽吸血栓，比方不适合抗凝和溶栓的情况下才采用，目前用的比较少。还有长期形成了慢性肺血栓栓塞和形成肺动脉高压的情况，要针对肺动脉高压、慢性肺栓塞治疗，还可以进行肺动脉内膜血栓摘除术。