如果寄生虫寄生在脑室，造成导水管阻塞，需要通过开颅手术完成脑室中寄生虫的摘取，才可进行相应的药物治疗。寄生虫主要是指囊虫，脑囊虫有可能会阻塞导水管，造成脑室扩大。如果不进行及时的手术干预，可能会出现脑室无限扩大，以至于形成脑疝压迫中枢神经系统，直接威胁生命。
对于其它脑实质的寄生虫，如曼氏裂头蚴，由于是幼虫在颅内进行盘踞，幼虫的虫体大概＜10cm，仅依靠药物杀虫治疗不会取得非常好的效果，还有可能促进虫体的窜动，形成虫体的移行。如果判断为曼氏裂头蚴颅内感染，首选手术治疗，切除颅内病灶，摘取曼氏裂头蚴幼虫，能够达到较好的治疗效果。其它的寄生在脑实质内的寄生虫或者引起脑膜脑炎的寄生虫，基本上均先采取药物治疗，若未危及生命或无手术指征的情况下不采取开颅手术。