扁平疣基本因感染低危型HPV引起。HPV目前已知的类型有200多种，根据致病性不同或致癌性高低，可以分为高危型、低危型，高危型主要是引起生殖器癌前病变与癌，还包括一部分口腔、口咽癌变。
低危型主要引起生殖器，还有暴露部位的皮肤黏膜扁平疣，还有良性病变。扁平疣主要见于皮肤黏膜，扁平细小结节，通常不痛不痒，多见于青少年、青少年，主要表现在手臂、手背、脖子、黏膜位置。因扁平疣为低危型HPV感染引起，因此较表浅，80%-90%患者一段时间后通过自身免疫力可清除，因此通常大部分扁平疣均会恢复，但也存在复发可能性。