细菌性痢疾是由痢疾杆菌导致的肠道传染病，治疗常用药物是能杀灭痢疾杆菌的药物，最常用的是喹诺酮类抗生素。喹诺酮类抗生素中主要用的是诺氟沙星和左氧氟沙星，但部分患者由于喹诺酮类抗生素影响骨骺发育，所以骨骼处于生长发育阶段的儿童、青壮年人群不能应用喹诺酮类药物。同时喹诺酮类抗生素可影响胎儿以及哺乳期新生儿的发育，所以孕妇及哺乳期的妇女也需避免使用。
代替喹诺酮类抗生素的药物是口服的三代头孢，最常用的是头孢克肟，对痢疾杆菌较敏感，能杀灭痢疾杆菌。除应用抗生素外，还需注意细菌 性痢疾患者肠道菌群平衡，需适当补充正常的肠道菌群，应用的药物是双歧杆菌类药物，包括双歧杆菌三联活菌胶囊、双歧杆菌四联活菌胶囊。应用活菌时，需与抗生素隔开一段时间应用，否则抗生素可将补充的活菌一起杀灭。