病毒性结膜炎与细菌性结膜炎，自行鉴别主要根据分泌物颜色判断，如果以流泪、水样分泌物为主，病毒性结膜炎可能性较大。如果是黄色、黏稠分泌物，甚至是脓性分泌物，细菌感染可能性较大。脓漏眼也会出现大量脓性分泌物，但考虑是链球菌感染，如果发生于新生儿，首先考虑链球菌感染，可局部平点抗生素眼药水，可能还需要静脉点滴青霉素类药物，控制整体炎症。对于成年人，可能以局部用药为主，如左氧氟沙星眼药水等广谱抗菌眼药水，联合更昔洛韦眼用凝胶，治疗结膜炎效果较好。
如果进行结膜囊分泌物培养 ，可根据培养结果选用敏感药物治疗，但培养需时间，通常先用广谱抗生素眼药水以及抗病毒眼药水治疗。病毒本身属于自限性疾病，但治疗过程中，可能继发细菌感染，所以需同时使用抗病毒和抗菌眼药水联合治疗。