肝动脉栓塞术后并发症主要包括局部穿刺部位的疼痛、出血、感染以及栓塞术后出现的肝功能受损、肝脏坏死，合并严重的细菌性感染、肝脓肿。严重时，患者还会出现肝功能衰竭等。另外，患者也会出现疼痛、恶心、呕吐、乏力以及食欲不振等表现。
肝动脉栓塞、化疗可用于治疗原发性肝癌，原发性肝癌中晚期患者可以通过介入治疗以获得延长生存，但也可能带来不良反应。因为栓塞会堵塞肿瘤的血管，引起肿瘤的坏死。若患者合并感染，则会出现明显的寒战、发热，而化疗药物会带来药物的相关不良反应，包括消化不良、恶心呕吐、乏力、 白细胞减少及血小板降低等。此外，化疗药物以及栓塞剂也会对肝脏功能造成影响，严重时甚至会诱发急性肝功能衰竭。