部分体积小的寻常疣可以自愈，但数量较多、体积较大的寻常疣一般不能自愈。针尖到小米粒大的寻常疣，如长在手背上，部分患者免疫力较强，逐渐由于自身免疫作用，疣会消失。如果患者自行处理，如用手抠，也会刺激免疫力，疣体积小时可能凭借自身免疫力消灭病毒。
疣的数量较多，体积较大时，通过刺激处理疣，反而使病毒泛滥、增生，其数量、自体播种会更多。所以患者自愈情况因人而异，免疫力强时可能自愈，免疫力一般或较差的患者处理后数量可能只会增多而不会减少。临床可见四肢、颈部长大小不同的寻常疣患者，提示其自身免疫力较低，尤其 是细胞免疫功能，需进行综合治疗，才会得以治愈。