细菌感染的原因包括外源性细菌感染和内源性细菌感染。
对于外源性细菌感染，比如结核分枝杆菌、伤寒沙门菌进入人体正常组织，抵抗宿主的防御功能，在体内繁殖，导致机体的组织出现损伤和功能障碍。这类病原菌导致的感染称为外源性细菌感染。
人体正常体表与外界环境相通的各种腔道，比如口咽、肠道、泌尿生殖道，存在着各种的微生物。这些微生物在人体免疫功能正常的情况下，对人体是有益无害的，称为正常菌群，宿主正常菌群和外界环境相互适应、保持平衡。一旦菌群之间的平衡被破坏，就会造成菌群失调，可能就会导致感染。另一方面，如果机体免疫功能下降，使原来聚集于口咽部、肠道、泌尿生殖道的正常菌群移行到易感部位，进而导致感染，这种称为内源性细菌感染，又称机会性感染。