慢性肾炎需要尽早区别原发性、继发性还是遗传性，需与以下疾病进行鉴别：
1、与急性肾炎相鉴别，血清C3动态变化可以帮助鉴别，疾病转归不同，慢性肾炎一般是慢性进展；
2、慢性肾炎与狼疮性肾炎鉴别，病程均为慢性，临床表现较相似，但系统性红斑狼疮女性多见，属于全身系统性疾病，可以伴发热、皮疹、关节炎等全身系统性表现，化验检查可见血细胞下降、免疫球蛋白增加、抗核抗体阳性、血清补体水平下降，肾穿刺活检显微镜下可见满糖量等特殊表现；
3、系膜增生性肾炎包含IgA肾病、膜增殖性肾炎、膜性肾病、局灶节段性肾小球硬化等，可通过病理检查确诊，显微镜下均有各自的特点。