胃肠间质瘤诊断明确以后如果能够手术，尽量手术完整切除，达到R0切除，即尽量把肿瘤切干净。手术后根据危险度分级，决定需不需要药物辅助治疗。因此在治疗过程中或者手术以后，即使不需要药物治疗，患者要随访检查。一般随访检查的项目有血常规、血液生化检查，另外最重要的是做腹部相关的检查，例如腹部CT或者腹部超声检查。
因为间质瘤如果复发转移，最常见的是腹腔内或者肝脏转移。因此CT和超声的检查在随访过程中容易发现早期的复发转移，对患者的复发转移进一步治疗有很大帮助，常用的检查是CT或者腹部超声。
另外比如PET-CT或者磁共振也可以作为术后的辅助检查，但是因为价格问题，最常用的是CT或者超声检查。