电子肠镜检查从肛门塞入然后检查整个大肠一直到回肠末端，完整的过程大概有1.6-1.8m，整个过程逆行。如果这个人直肠特别直，基本上不会特别痛苦；有一些人做了手术有粘连或者长期便秘、结肠长，肠镜经过时候会牵拉、刺激肠道会很痛苦。
普通肠镜遇到做手术的病人，或者以前腹腔有疾病发生粘连的病人，痛苦比较大。医院现在各种手法调控的较好，会将痛苦控制在可控范围之内。45岁以上患者均需进行肠镜，这种病人可以考虑使用无痛肠镜也就是镇静加镇痛检查，可以让患者在睡眠状态下完成检查，无痛苦甚至有些欣快感，有一部分人会有痛苦但是通过无痛手段可以克服。