治疗生殖器疱疹时需口服并外用洛韦类软膏，如口服阿昔洛韦、外用阿昔洛韦。口服伐昔洛韦、万乃洛韦，外用喷昔洛伟，经过5-7天治疗，疱疹可消失。大部分患者生殖器疱疹有反复发作倾向，因为病毒平时可潜伏在骶尾神经节，免疫力下降时又出来繁殖，局部出现水疱，需继续治疗或维持治疗。
维持治疗通常采用病毒抑制疗法，指发作时用治疗量的抗病毒药物，没有发作时不停药，而是用维持量的抗病毒药物进行治疗，可有效抑制病毒复发。没有发作且局部没有病毒，可以进行性生活、妊娠。所以治疗的方式较重要，患者需要做好定期复诊，才可彻底 杜绝疾病。