肺脓肿治疗周期相对比较长，目前临床大约需治疗6-8周。因为肺脓肿是化脓性坏死性炎症，肺组织可以产生脓腔，脓腔也是一种肺部感染性疾病。此时感染的病原菌可以是厌氧菌，如金黄色葡萄球菌、铜绿假单胞菌或者肺炎克雷伯杆菌。可以通过呼吸道吸入感染，也可以是血液感染。细菌对肺组织造成慢性化脓性空腔或者空洞，称为肺脓肿。
一般厌氧菌即金黄色葡萄球菌、铜绿假单胞菌、肺炎克雷伯杆菌引起化脓性感染，常规要使用抗生素，进行抗感染治疗。要采取积极引流，若脓腔很大的情况可以考虑胸外科脓液引流，或者到胸外科做胸壁引流，做气管镜也可以把痰液、脓液吸 出。总体治疗疗程比较长，用抗生素的时间也比较长，原则上需要1-2个月。口服抗生素到复查胸片或者肺部CT，空洞消失或者炎症消失，仅留下纤维化残留后，可以考虑停用抗生素。