总的而言，心脏黏液瘤手术成功率非常高，一般风险较小，但是也要根据病人的不同情况，分门别类地阐述。例如20岁的病人跟70岁的病人，手术风险不一样。病人的年龄越大，变化的问题就越多。如果70岁、60岁或者50岁的病人做黏液瘤手术，病人本身没有合并冠心病、脑血管疾病、呼吸功能不全等，则风险基本上差不多，基本上成功率非常高。
如果病人有冠心病，手术前没发现就做了心脏黏液瘤手术，术后病人可能心脏不跳。如果病人有颈动脉的斑块、狭窄，术前没有发现，手术以后可能会有脑病的并发症。如果病人呼吸功能不全，做完手术后则拔管非常困难，可能需要很长时间 才能恢复，增加手术的风险。
此外做手术的时候，肿瘤表面的小的黏液瘤，像小珠子一样黏在一起。如果黏液肿块掉下去，就会变成栓塞，可能栓到肺里面，也可能栓到动脉系统，如栓到脑部、骨动脉、肠道等，都有可能。另外肿瘤表面的小血栓也可以脱落，造成栓塞。