激光祛痘印总体比较安全，但也存在一定风险。临床可以采取脉冲染料激光治疗红色痘印，也可以使用激光美容治疗局部的黑痘印，均是非剥脱性的激光治疗方法，一般局部的创伤刺激比较小，所以风险也比较低。但前提条件是要到比较正规的医疗美容机构，由有经验的专业治疗医生进行操作，比较有保障，能使风险降到最低。
如果是非专业的机构或者人员进行操作，激光的能量参数等设置不准确，有可能达不到治疗效果，反而产生不良反应。一般的不良反应包括皮肤局部刺激、疼痛、瘙痒，或局部出现红斑、水肿、皮肤破损、色素沉着加深等，需要 加以防范。