急性肾功能衰竭主要与慢性肾功能衰竭进行鉴别诊断，通常急性肾功能衰竭特点为起病急，短期内肾功能由正常变为异常；慢性肾功能衰竭通常病史较长，患者存在较长时间的慢性病，肾功能衰竭逐渐形成。同时从肾脏结构可以进行判断，急性肾功能衰竭患者不存在肾脏体积缩小，但慢性肾功能衰竭会出现肾脏体积缩小。
此外，多数慢性肾功能衰竭患者会出现相应并发症，如长期肾功能不全会导致肾性贫血发生，还可出现低钙、高磷、肾性骨病等临床表现，急性肾衰竭则很少发生。同时急性肾功能衰竭还需根据病因进行鉴别诊断，包括肾前性、肾实质性以及肾后性因素。