胃窦溃疡真实病因到目前为止不是较清楚，按照临床检测此病可能是一种低胃酸分泌病变。溃疡形成原因主要是胃酸分泌过多，但是胃窦溃疡的发生不一定是低胃酸分泌所致。发生溃疡有两种原因，即胃酸分泌过多或胃黏膜防御机制减弱、消失。由于此病不是高胃酸分泌导致，所以属于自身防御较差类型。
胃窦也是胃溃疡高发部位，发病部位高，与胃癌发生息息相关。通常大部分胃癌发生在胃窦和胃体交界部位，所以胃窦溃疡要引起高度重视。如果胃镜发现此处有溃疡，甚至怀疑有恶变，一定要做活检。活检证实没有恶性病变，按照良性溃疡规范治疗。如果在内科规范治疗3个疗程后还是复发，也有手术指征，要进行切除。