儿童牙齿咬合不齐确切称为牙齿排列不齐或咬合紊乱，原因大致可分为以下几个方面：
1、先天性，可能与家族遗传有关系；
2、喂奶姿势不正确；
3、儿童牙齿龋齿，俗称蛀牙，因为蛀牙变严重，牙齿大小会变小，然后牙弓长度缩短，将来换牙时会造成牙齿间隙不够，就会造成牙齿排列不齐；
4、牙齿发育异常，牙齿发育异常包括多生牙，若有多生牙会把正常牙齿位置占掉，正常牙齿不能排齐；
5、先天缺牙，属于先天牙齿发育异常，可导致牙齿排列比较稀疏；
6、先天牙齿形态异常，有畸形舌隆突也称为畸形舌尖，会干扰上下颌咬合关系；
7、乳牙滞留，乳牙未及时脱落，恒牙长出来，位置缺失，导致恒牙长到其它位置；
8、口腔不良习惯，比如从小吮指，引起牙齿排列不整齐；
9、吐舌，把舌头在吞咽时吐到顶着前面上下牙之间；
10、咬嘴唇，上下牙都可咬唇，可导致不同咬合紊乱变化；
11、口呼吸，若是因鼻道不通气引起口呼吸，首先要进行鼻道治疗，然后才能解除口呼吸不良习惯；
12、偏侧咀嚼，如一边牙齿有严重龋坏或者疼痛，会习惯用另外一侧来咀嚼食物，久而久之脸就会偏向一侧，偏侧咀嚼会造成咬合紊乱。