奥硝唑是一种抗菌药物，主要针对厌氧菌发挥作用，当出现厌氧菌感染时可以使用奥硝唑。其最常见的副作用是消化系统，比如出现恶心、呕吐等。有的患者服用奥硝唑或输注相应的注射液后，可能会出现胃部的不适感以及味觉障碍，感觉嘴里有金属的味道，这些都是比较常见的副作用。
此外还可能出现某些少见的不良反应，比如过敏反应，如皮疹症状。还可能出现转氨酶的升高以及神经、精神症状，如头痛、嗜睡等。另外需要注意的是奥硝唑存在某些较为少见和罕见的不良反应，如白细胞减低等。奥硝唑主要的、常见的不良反应以消化系统为主，一般而言奥硝唑的安全性相对比较好。