胰腺囊腺瘤手术根据不同囊腺瘤生长部位决定。胰头部胰腺囊腺瘤，处理比较复杂，因为胰头部有复杂解剖结构，跟胆管、胰管、十二指肠、周边血管邻近。如果囊腺瘤紧贴胆管或者胰管和十二指肠，单纯做囊腺瘤切除不够，有时要做胰头局部切除，甚至做胰十二指肠切除，所以胰头部囊腺瘤处理复杂。
做手术时，术前评估囊腺瘤跟胆管、胰管、周边血管关系，制定详细手术方案。胰体部和胰尾部囊腺瘤，处理简单，对胰体部、胰颈部囊腺瘤处理，做局部胰腺区段切除，甚至做囊腺瘤局部挖除。如果做胰腺区段切除后，做胰管跟肠吻合、胰肠吻合、近端胰肠吻合、远端胰肠吻合。如 果胰尾部囊腺瘤，处理更加简单，做胰尾部切除。