耳膜穿孔流脓如果在急性期，患者会引起耳鸣、听力下降，部分患者会出现发烧。若急性期控制不好，细菌感染非常严重，会导致一系列耳内外并发症，如引起中耳急性发炎之后，会导致乳突炎，还可以影响面神经，导致面瘫，或导致迷路炎，形成眩晕等症状。另外，部分患者可出现直接侵犯到颅内，引起硬膜下脓肿、硬膜外脓肿、脑脓肿等严重并发症。
若患者耳膜穿孔长期治疗效果不好，会引起慢性化脓性中耳炎，出现长期耳朵流脓，并且导致听力下降、耳鸣。如果出现胆脂瘤，患者可能出现 颅内外并发症。所以当耳膜穿孔、流脓时，要积极地进行治疗。在急性期通常会给予抗炎药物口服以及局部滴药，慢性化脓性中耳炎的药物治疗效果不好时，要积极进行手术治疗。