病人情况不同检查时间不同，一般超声胃镜时间大概在15-30分钟左右，有时会更长。因为部分病人查的内容比较多，比如做肿瘤TNM分期、胰腺治疗及穿刺需要检查时间会较长，一般检查时间控制在30分钟内。因为时间太长会导致部分病人受不了，毕竟是有痛苦的检查，但是有时候为了做治疗需要时间会稍长。
超声胃镜现在发展非常快，能够通过超声胃镜来进行治疗。针对胰腺癌病人或者囊肿病人，可通过在里面扎针进行穿刺引流、做些穿刺注药或者放疗粒子治疗等。这些操作很复杂需要时间都比较长，这时会给予病人静脉麻醉或者全麻，使病人在比较舒服情况下完成诊疗任务，所以病人一般不用担心。