便秘灌肠存在较大副作用，不建议便秘患者每天使用灌肠剂进行灌肠改善便秘。便秘灌肠改变肛肠括约肌功能，增加便秘自然排便阈值，长期使用可能会造成更顽固便秘；可以导致肠道功能紊乱，造成肛周黏膜破损，以及引起肠道菌群失调。
临床中只有对急性便秘例如短期内出现饮食困难，手术后相对不能恢复正常运动出现急性便秘，可以考虑用灌肠。灌肠剂包括甘油灌肠剂，分为长柄和短柄，以及病房用清洁灌肠剂，应用生理盐水或甘油进行灌肠可以让积滞粪便能够顺利排出。
因此慢性便秘患者不建议长期使用灌肠剂，可能会导致更严重问题。慢性便秘患者建议到医院就诊明确原因，可以应用聚乙二醇类缓泻剂有效改善患者便秘。