通常短期吸入少许艾烟，对人体的肺没有太大影响，但如果是长期大量吸入，对人体的肺和气管也具有一定的影响。虽然艾草燃烧所产生的烟雾中，不含有毒、有害的气体或物质，但对气道比较敏感的患者，也能够产生过敏性咽炎、过敏性咳嗽等情况，例如出现咽喉痒、想咳嗽，且咳嗽较为剧烈，呈阵发性咳嗽等。
对于本身患有支气管哮喘或过敏性疾病的患者，尤其要注意，吸入艾烟可能会诱发哮喘或引发过敏性咳嗽的出现。因此虽然艾草燃烧所产生的烟雾没有有毒、有害的气体，但烟雾本身对呼吸道也有一定的刺激作用。如果需要做灸法治疗，建议选用无烟的灸法或做好通风，避免艾灸的场所出现烟雾浓度过高的情况，以保护呼吸道，不至于艾灸发出来的烟雾对肺部造成损害。