肛周疼痛最常见的原因就是肛周脓肿，是一种急性炎症，炎症有两个来源，一个来源于肛管内、外括约肌之间的肛隐窝腺感染，感染向上、向下、向周围侵袭，形成肛门周围的急性炎症。
肛周脓肿根据具体的部位，还有不同的命名，最常见的就是肛门皮下脓肿、坐骨直肠窝脓肿，是一个常见的原因。还有一个就是直肠黏膜下脓肿，或者括约肌间脓肿，这是肛周脓肿。
出现肛周脓肿，需要通过手术来处理，肛周脓肿保守治疗效果不好，抗生素治疗也没有意义，只有切开引流将脓液排出，脓液排出以后，甚至不需要抗生素治疗。
需要跟肛周脓肿鉴别的一些疼痛，有肛门周围的坐骨、尾骨疼痛。比如尾骨炎后的尾骨损伤，也 可能在肛门后方出现疼痛。
在进行肛门检查的时候，先要考虑是否是肛周脓肿。肛周脓肿的外观表现是肛门周围会出现红、肿、热、痛等明显的炎症性外观表现。如果没有这些症状，指诊的时候，在直肠内会发现有触痛的隆起状的，有波动感的病理组织。
如果没有这些表现，肛门周围疼痛如果在后方，就要看尾骨有没有出现损伤，或者是有无其他病理改变，这是需要跟肛周脓肿相鉴别的一个因素。