胃十二指肠溃疡穿孔修补术后患者一般2-3天左右肠道功能逐渐恢复，2-4周左右溃疡穿孔可以完全愈合。身体恢复可能需要时间较长，但恢复过程中要做到合理饮食，并少食多餐、细嚼慢咽，以及进食易消化食物，禁食刺激性、辛辣、生凉食物，逐渐调理，或根据医师建议合理口服药物治疗。胃十二指肠溃疡穿孔多是一种良性病变，如果治疗及时，预后相对较好，但要根据患者病情判断。
对于老年人和体质较差患者，如果病情较重或伴有出血，可以危及生命，需要及时专业处理。建议胃十二指肠溃疡穿孔行修补手术以后，恢复良好患者术后一个月行胃镜检查排除胃癌 。如果行胃大部切除，要根据术后病理结果决定是否进一步治疗。如果通过胃镜或碳13呼气试验发现幽门螺杆菌阳性，需要在医师指导下根治幽门螺杆菌感染，规范治疗胃十二指肠溃疡。由于药物合理应用，目前胃十二指肠良性溃疡多能治愈。