激光祛除黑痣比较安全，因为适合应用激光祛除的通常病变较小、较浅。但是，不正当的祛除方法也会造成相应的副作用，比如出现色素沉着。另外，激光去完黑痣以后，病变的基底是小创面，如果没有进行正常的保护可能会遗留色素的沉着，所以激光祛黑痣多在秋冬季进行，以避免紫外线的强的照射。
还有就是激光祛除黑痣的副作用跟术后的护理有很大的关系，做完激光以后一定要保持局部的清洁、干燥，不要沾水，以免局部感染。如果局部感染加重，可能会遗留局部的瘢痕。另外，激光祛除黑痣的副作用还有术后的复发，如果黑痣生长得比较深，可能会出现激光祛除黑痣以后复发的现象。