每个患者对疼痛的感觉不同，有些患者感觉药流很疼，有些患者感觉药流不疼。疼痛主要是由于子宫收缩导致，疼痛时间每个患者也不同，短则2-3个小时，长则7-8个小时都有可能，甚至有些患者＞8小时仍未排胎时，则需要进行人工流产。
药流通常需要服药3天，前2天需要服用米非司酮，作用是竞争孕激素的受体使胚胎凋亡，在服药的第3天需要服用米索前列醇。米索前列醇可以作用于子宫的平滑肌使子宫收缩，将已经凋亡的胚胎排出体外后完成药流的全过程，部分患者排胎无需刮宫，而少量患者有排胎不全或不能排胎时，需要进行清宫手术使胚胎排出。