部分门脉高压症的患者需要手术治疗，比如食管胃底静脉曲张的患者，这部分患者时刻面临着血管破裂大出血的风险，会严重威胁患者生命。对于反复出血或者已经出血的门脉高压症患者，在药物、内镜治疗无效时，可以考虑外科手术治疗，以减少大出血发生概率，达到止血目的。
对于合并脾功能亢进的患者，可以通过脾切除术，减轻脾功能亢进症状。如果同时合并肝硬化，有合适肝源情况下，部分患者可以通过肝移植治疗肝硬化所导致的门脉高压症。如果患者已经出现肝癌，应该在肝功能尚好的情况下尽早进行手术治疗。手术是门脉高压症患者较为重要的治疗手段。