复杂性先天性心脏病主要针对简单性先天性心脏病而言,临床将法洛氏四联症、右室双出口、大动脉转位、单心室等疾病称为复杂性先天性心脏病。此类心脏病可伴随患者终生,基本无法通过手术治疗获得痊愈,仍可引起心律失常、心衰、高血压等异常,后期甚至需进行起搏器植入或心脏移植。
总体而言,多数复杂性先天性心脏病患者预后效果较差,寿命较短,通常30-50岁即可出现异常。