扁桃体化脓局部的实质，可能会被一些纤维结缔组织所代替，所形成坑道，很难能够长平，可能很难能得到恢复。
但是并没有太大的影响，因为扁桃体跟别的组织不一样，本身表面就不光滑，表面有非常多的腺窝，称之为扁桃体隐窝，是扁桃体上皮向扁桃体实质内凹陷所形成的盲管、盲道。既然扁桃体本身表面，就有这么多的盲管和盲道，所以扁桃体化脓所留下的由于结缔组织代替所形成的坑，也无关紧要。
但是如果扁桃体反复发炎，如果1年超过了7次，如果是2年，每年超过了5次，如果是连续3年每年超过了3次，若扁桃体化脓的发作，特别是伴发了扁桃体周围炎以及扁桃体周围脓肿的时候，在这种情况之下建议行扁桃体切除。