小孩突然发烧39℃的原因包括呼吸道感染、泌尿系感染、消化道感染、中枢神经系统感染、川崎病，具体如下：
1、呼吸道感染：是小孩突然发烧39℃的常见原因，可以表现出呼吸道症状，如流鼻涕、打喷嚏、咳嗽、嗓子疼。查体可以看到鼻腔充血、肿胀，咽部红肿、扁桃体肿大。通过医生进行判断发烧可能是呼吸道感染引起；
2、泌尿系感染：小孩发烧39℃但嗓子不红、不咳嗽、不流鼻涕，此时要验尿常规，观察尿内是否有红细胞、白细胞，尤其是白细胞是否显著增高；
3、消化道感染：可能一开始只有发烧，但是很快会出现恶心 、呕吐、腹泻；
4、中枢神经系统感染：属于少见感染，还会伴有其它颅内压增高表现，如头疼、恶心、喷射性呕吐、脖子较硬、意识改变等；
5、川崎病：属于非感染性疾病，小孩发烧温度较高，而且抗感染治疗基本无效，还会出现皮疹、眼睛红、口唇黏膜干燥、杨梅舌等。
因此小孩突然发烧39℃原因较多，需要经过儿科专门医生进行判断，通过查体、辅助检查做出综合判断。