牙齿根尖炎、牙周病及智齿冠周炎都可能会造成牙龈肿痛，口腔内部的感染很多都由厌氧菌感染造成，所以在选择抗生素的时候最好选择对厌氧菌有效的抗生素。
临床上一般采用硝基咪唑类抗生素，如甲硝唑、替硝唑、奥硝唑，然后再结合头孢或阿莫西林一类广谱抗生素效果更好。但如果有些病人吃甲硝唑、替硝唑反应很大，比如胃肠道反应很大或对头孢之类过敏，也可以选择克林霉素这一类的抗生素，因为克林霉素对厌氧菌也有效。
病人也可以选择类似四环素、大环内酯类药物，如红霉素、阿奇霉素之类的抗生素效果也不错。也可以结合漱口水，如含有洗必泰(氯已定)、甲硝唑的漱口水，配合局部应用。全身用药和局部应用配合使用，效果更好。但不应该光靠药物解决问题，还是应该到医院和诊所做进一步检查，找到病根，然后对症治疗、对因治疗。