临床如果发生可疑EB病毒感染，通常需进行EB病毒抗体的IgM(免疫球蛋白M)、IgG(免疫球蛋白G)检测。如果IgM结果为阳性，通常提示发生急性EB病毒感染，需进一步检测血清当中的EB病毒DNA，如果检查DNA为阳性，此时便可确诊为急性EB病毒感染。对于血清DNA的检测要求，通常无需进行全血DNA检测，正常人的淋巴细胞内便可能潜伏EB病毒，如果检测全血EB病毒，有可能出现假阳性表现，所以通常需进行血清的EB病毒DNA，此时如果检查结果为阳性，便可考虑发生急性EB病毒感染。
对于慢性EB病毒感染，通常IgM不会表现为阳性，IgG水平相对会显著升高，此时提示存在慢性EB病毒活动感染，需进一步行血清EB病毒DNA检测，检查DNA为阳性，才能确定是慢性活动性EB病毒感染，同时还需结合患者临床表现进行判断。