磁共振可检查耳部，磁共振检查分辨率高，可分辨肌肉组织、韧带等结构。磁共振对神经软骨的显示，明显优于CT，可清晰显示耳部细微结构，如内耳、中耳和外耳的形态结构。一些耳部的先天疾病，如胆脂瘤、中耳乳突炎、听神经瘤等疾病均可通过耳部磁共振，来完成检查。
虽头颅磁共振检查可观察到耳部，但耳部属于细微结构，如需发现一些病变，且进行诊断，需做耳部专门的高分辨检查。耳部高分辨磁共振检查时，不需要特殊准备，和平常头颅磁共振检查一样，进入到扫描间，躺在扫描床上、盖上线圈、保持静止不动，即可以完成检查，属于完全无创检查。